คลองเขื่อน เป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดฉะเชิงเทรา จัดตั้งขึ้นเป็นกิ่งอำเภอในปี พ.ศ. 2536 และยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอลำดับที่ 11 ของจังหวัดฉะเชิงเทราในปี พ.ศ. 2550 เป็นหนึ่งในอำเภอสำคัญของจังหวัดฉะเชิงเทราในด้านการท่องเที่ยว พื้นที่อำเภอเป็นที่ราบลุ่มติดกับแม่น้ำบางปะกง ซึ่งเป็นแหล่งน้ำที่สำคัญสำหรับทำเกษตรกรรม

อำเภอคลองเขื่อนมีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอบางน้ำเปรี้ยว และอำเภอบ้านสร้าง (จังหวัดปราจีนบุรี)

ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางคล้า

ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอบางคล้าและและอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา

ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา และอำเภอบางน้ำเปรี้ยว

ท้องที่อำเภอคลองเขื่อนเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอบางคล้า ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองตำบลก้อนแก้ว ตำบลคลองเขื่อน ตำบลบางเล่า ตำบลบางโรง และตำบลบางตลาด ออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอคลองเขื่อน ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 31 พฤษภาคม ปีเดียวกัน เนื่องจากอยู่คนละฝั่งของแม่น้ำบางปะกงต้องข้ามเรือไปมาไม่สะดวก เพราะยังไม่มีสะพานข้ามเหมือนปัจจุบัน (สะพานกรมโยธาธิการสร้าง พ.ศ. 2537 ที่หัววัดบางตลาด) หรือถ้าจะไปทางรถยนต์ต้องอ้อมเข้าไปบริเวณแปดริ้วข้ามสะพานฉะเชิงเทราเฉลิมพระเกียรติ 72 พรรษาแล้วจึงวกกลับมาอำเภอบางคล้า และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาเมื่อวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอคลองเขื่อน โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน กลายเป็นอำเภอลำดับที่ 11 ของจังหวัดฉะเชิงเทรา

อำเภอคลองเขื่อนแบ่งเขตการปกครองย่อยออกเป็น 5 ตำบล 32 หมู่บ้าน ได้แก่

1. ก้อนแก้ว (Kon Kaeo) 6 หมู่บ้าน

2. คลองเขื่อน (Khlong Khuean) 6 หมู่บ้าน

3. บางเล่า (Bang Lao) 6 หมู่บ้าน

4. บางโรง (Bang Rong) 7 หมู่บ้าน

5. บางตลาด (Bang Talat) 7 หมู่บ้าน

ท้องที่อำเภอคลองเขื่อนประกอบด้วยองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 5 แห่ง ได้แก่

องค์การบริหารส่วนตำบลก้อนแก้ว ครอบคลุมพื้นที่ตำบลก้อนแก้วทั้งตำบล

องค์การบริหารส่วนตำบลคลองเขื่อน ครอบคลุมพื้นที่ตำบลคลองเขื่อนทั้งตำบล

องค์การบริหารส่วนตำบลบางเล่า ครอบคลุมพื้นที่ตำบลบางเล่าทั้งตำบล

องค์การบริหารส่วนตำบลบางโรง ครอบคลุมพื้นที่ตำบลบางโรงทั้งตำบล

องค์การบริหารส่วนตำบลบางตลาด ครอบคลุมพื้นที่ตำบลบางตลาดทั้งตำบล